Effective results for Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 540
- Predicted by EffectiveT3: 145 (high confidence), 240 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 17 within, 12 before, 31 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 93
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 34 proteins (2 high, 32 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
216596.RL2858++mitochondrial; plastid
216596.RL2279+mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL4145+(mitochondrial)
216596.RL2055(>)ER
216596.RL3181+ER
216596.RL3234+ER
216596.RL3557(>)(ER)
216596.RL4297+ER
216596.RL1392(PF06742)ER
216596.RL1489(>)(ER)
216596.RL2459(PF04654)ER
216596.RL2635(>)(ER)
216596.RL3721(>)ER; (ER)
216596.RL0958+(mitochondrial); (plastid)
216596.RL4335+(ER)
216596.RL1625+(ER); ER
216596.RL4276PF12772mitochondrial
216596.RL2435+ER
216596.RL2548(PF04654)ER
216596.RL4725+ER
216596.RL0928+ER
216596.RL3506+ER
216596.RL4003(PF13449)ER
216596.RL4448+(ER)
216596.RL2423+ER; (ER)
216596.RL0554+(mitochondrial)
216596.RL0556+ER
216596.RL1601(PF13449)ER
216596.RL0730+mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL2656+ER
216596.RL3836(PF04140)ER
216596.RL2404+ER
216596.RL4306+(mitochondrial); plastid
216596.RL0913+ER
216596.RL4038++plastid
216596.RL4123(>)(mitochondrial)
216596.RL1693(PF13449)ER
216596.RL2327+ER
216596.RL2326+(mitochondrial); plastid
216596.RL1891(PF04140)ER; (ER)
216596.RL3631+ER; (ER)
216596.RL1320A+mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL3816+(ER); plastid
216596.RL2519(PF13449)mitochondrial
216596.RL2684+ER
216596.RL2782(<)ER
216596.RL0476(PF05990)ER
216596.RL1925(PF06742)(ER)
216596.RL0652+(mitochondrial); (plastid)
216596.RL0785(PF04140)ER
216596.RL1437+ER
216596.RL1327+(mitochondrial)
216596.RL1919(PF05990)ER
216596.RL4417(>)ER
216596.RL4527+(mitochondrial)
216596.RL4075+ER
216596.RL2670(<)mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL3472+ER
216596.RL1806+ER
216596.RL0254+(mitochondrial)
216596.RL1126(PF06742)ER
216596.RL2554+ER
216596.RL1375(+)ER; (ER)
216596.RL4508+(plastid)
216596.RL3058+(PF06742)
216596.RL0729+(plastid)
216596.RL2918+(PF14588)
216596.RL4139(+)ER; (ER)
216596.RL2140(+)mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL4668(+)mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL1843(+)(mitochondrial); (plastid)
216596.RL1848(+)mitochondrial; plastid
216596.RL2676(+)(mitochondrial)
216596.RL0718+plastid
216596.RL0719+plastid
216596.RL2890+plastid
216596.RL3141(+)(ER); (mitochondrial)
216596.RL4007+(mitochondrial)
216596.RL2958+(mitochondrial)
216596.RL2085+(mitochondrial)
216596.RL0801(+)(mitochondrial)
216596.RL4347(PF13449)(plastid)
216596.RL3776(+)ER
216596.RL3351+(plastid)
216596.RL2263(+)mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL0588++
216596.RL1189(+)(ER)
216596.RL2575(+)(mitochondrial); plastid
216596.RL1699++
216596.RL1883++
216596.RL1310+(plastid)
216596.RL4200(+)+plastid
216596.RL1273(+)ER; plastid
216596.RL4472(+)(mitochondrial)
216596.RL0717(+)(mitochondrial)
216596.RL2025++
216596.RL3646+plastid
216596.RL1427+plastid
216596.RL2010+plastid
216596.RL3495(+)(mitochondrial)
216596.RL1926(PF06742)(ER)
216596.RL3278+(plastid)
216596.RL3877+(mitochondrial)
216596.RL1655(+)mitochondrial; plastid
216596.RL2533++
216596.RL0105+(mitochondrial)
216596.RL1242+(mitochondrial)
216596.RL4036++
216596.RL0464(+)ER
216596.RL1681+(ER)
216596.RL4626+(PF08975)
216596.RL4437+mitochondrial
216596.RL1416+
216596.RL1740+
216596.RL1741+
216596.RL1470+
216596.RL2874(+)(PF05990)
216596.RL2059+
216596.RL2297(+)plastid
216596.RL2124+
216596.RL3459+
216596.RL3186+
216596.RL0505(+)(>)
216596.RL3235+
216596.RL3984(+)(plastid)
216596.RL2903+
216596.RL1818+
216596.RL0343(>)
216596.RL0342+
216596.RL1103+
216596.RL0760+
216596.RL0728+
216596.RL0297+
216596.RL1148+
216596.RL0315+
216596.RL4190+
216596.RL2269+
216596.RL2467+
216596.RL2461+
216596.RL3517+
216596.RL2868+
216596.RL2281(+)+
216596.RL2134+
216596.RL2133+
216596.RL0978+
216596.RL3928+
216596.RL1959(+)plastid
216596.RL0038+
216596.RL1826+
216596.RL4451+
216596.RL3956+
216596.RL3092(+)(plastid)
216596.RL1000+
216596.RL1556+
216596.RL2457(+)+
216596.RL2853+
216596.RL4706(+)(ER)
216596.RL1689+
216596.RL1942+
216596.RL0160(+)plastid
216596.RL3720(+)(plastid)
216596.RL3099+
216596.RL3728+
216596.RL1835+
216596.RL0362(+)(plastid)
216596.RL0560(>)
216596.RL1168(<)
216596.RL4288(<)
216596.RL0704(+)(plastid)
216596.RL3942+
216596.RL3940+
216596.RL1380(>)
216596.RL1803+
216596.RL1492+
216596.RL1495+
216596.RL4663+
216596.RL1161+
216596.RL2930(+)(plastid)
216596.RL3024+
216596.RL3751(>)
216596.RL3715+
216596.RL0630+
216596.RL3570(<)
216596.RL3659+
216596.RL1536(+)(mitochondrial)
216596.RL0579(>)
216596.RL0577+
216596.RL1151(PF06742)
216596.RL1965+
216596.RL0713+
216596.RL4272(>)
216596.RL3978(+)(mitochondrial)
216596.RL3976(PF01501)
216596.RL1520+
216596.RL0394+
216596.RL3982+
216596.RL1447(+)(plastid)
216596.RL0754+
216596.RL3337+
216596.RL2541+
216596.RL2948+
216596.RL2769+
216596.RL2168+
216596.RL2163+
216596.RL2365+
216596.RL3145+
216596.RL3148+
216596.RL1853(PF14588)
216596.RL3560+
216596.RL3363(+)(>)
216596.RL4266+
216596.RL3966+
216596.RL0182(+)(ER)
216596.RL1707(>)
216596.RL2887+
216596.RL2888+
216596.RL4732(PF13603)
216596.RL2953+
216596.RL2779(+)(plastid)
216596.RL4421+
216596.RL0935+
216596.RL0047+
216596.RL3171(PF04140)
216596.RL1993+
216596.RL3254+
216596.RL1869+
216596.RL1864+
216596.RL0290(<)
216596.RL3353(+)(plastid)
216596.RL0552+
216596.RL4250+
216596.RL3913(<)
216596.RL1732+
216596.RL0026+
216596.RL3826(PF01501)
216596.RL2301(>)
216596.RL0631+
216596.RL0255+
216596.RL1561+
216596.RL2745(>)
216596.RL0831+
216596.RL2181+
216596.RL0488+
216596.RL1983(>)
216596.RL3764+
216596.RL1875+
216596.RL3164(PF14588)
216596.RL3162+
216596.RL0122+
216596.RL0127(>)
216596.RL3615+
216596.RL3613+
216596.RL3900(+)(mitochondrial)
216596.RL3907(>)
216596.RL4312(<)
216596.RL1614+
216596.RL1612(<)
216596.RL2579+
216596.RL2576+
216596.RL2352+
216596.RL2358+
216596.RL1516+
216596.RL3023+
216596.RL1887+
216596.RL0139+
216596.RL0135+
216596.RL3336(+)(ER)
216596.RL3303+
216596.RL4580+
216596.RL0048+
216596.RL3802+
216596.RL2505+
216596.RL3396+
216596.RL2212+
216596.RL0853+
216596.RL2218(PF14588)
216596.RL3797+
216596.RL2320+
216596.RL1895+
216596.RL3324+
216596.RL0217(>)
216596.RL3256(>)
216596.RL0697(+)plastid
216596.RL4599+
216596.RL1304+
216596.RL2681(>)
216596.RL0789+
216596.RL2110+
216596.RL3131(PF16387)
216596.RL1534+
216596.RL0061+
216596.RL1797+
216596.RL2787+
216596.RL0871+
216596.RL3648+
216596.RL2654(PF01442)
216596.RL2820+
216596.RL1027+
216596.RL2340(+)(plastid)
216596.RL2344(+)(ER)
216596.RL4127+
216596.RL1446(>)
216596.RL3276(>)
216596.RL0782+
216596.RL3244+
216596.RL2382(>)
216596.RL1326+
216596.RL1328+
216596.RL4557+
216596.RL2897(+)(plastid)
216596.RL2896+
216596.RL2798(PF13603)
216596.RL2008+
216596.RL0886(<)
216596.RL0288+
216596.RL0289(+)(ER)
216596.RL2237(<)
216596.RL4644+
216596.RL0260+
216596.RL0467+
216596.RL1221+
216596.RL1225+
216596.RL1970(>)
216596.RL4418+
216596.RL1413+
216596.RL1798+
216596.RL0423+
216596.RL0248(+)(mitochondrial)
216596.RL3344(+)(plastid)
216596.RL4657(+)+
216596.RL3073PF02191
216596.RL1751+
216596.RL3691+
216596.RL4571+
216596.RL4408+
216596.RL3416+
216596.RL4080(+)(mitochondrial)
216596.RL2244(>)
216596.RL1171+
216596.RL1503+
216596.RL1632(>)
216596.RL2117+
216596.RL3440(PF01501)
216596.RL3041+
216596.RL0733+
216596.RL3934+
216596.RL4024+
216596.RL1759(+)(mitochondrial)
216596.RL0627(+)(plastid)
216596.RL0628+
216596.RL4189(>)
216596.RL1593+
216596.RL1592+
216596.RL0780(+)(ER)
216596.RL2841(<)
216596.RL2273(+)
216596.RL2473(+)
216596.RL4615(+)
216596.RL2878(+)
216596.RL2612(+)
216596.RL0497(+)
216596.RL2129(+)
216596.RL0507(+)
216596.RL0436(+)
216596.RL4332(+)
216596.RL0187(+)
216596.RL3843(+)
216596.RL2604(+)
216596.RL2284(+)
216596.RL2132(+)
216596.RL0821(+)
216596.RL1825(+)
216596.RL0117(+)
216596.RL0282(+)
216596.RL4704(+)
216596.RL2706(+)
216596.RL1455(+)
216596.RL3436(+)
216596.RL2103A(+)
216596.RL1833(+)
216596.RL0707(+)
216596.RL0709(+)
216596.RL3945(+)
216596.RL1767(+)
216596.RL1382(+)
216596.RL2556(+)
216596.RL2445(+)
216596.RL4446(+)
216596.RL4714(+)
216596.RL2937(+)
216596.RL2154(+)
216596.RL0957(+)
216596.RL3154(+)
216596.RL3711(+)
216596.RL3717(+)
216596.RL3714(+)
216596.RL1846(+)
216596.RL3375(+)
216596.RL4491(+)
216596.RL0810(+)
216596.RL2834(+)
216596.RL3143(+)
216596.RL3963(+)
216596.RL3528(+)
216596.RL1703(+)
216596.RL1701(+)
216596.RL1038(+)
216596.RL4390(+)
216596.RL4649(+)
216596.RL1459(+)
216596.RL4646(+)not used
216596.RL1067(+)
216596.RL0807(+)
216596.RL0800(+)
216596.RL1265(+)
216596.RL0558(+)
216596.RL4251(+)
216596.RL4255(+)
216596.RL0395(+)
216596.RL3912(+)
216596.RL1040(+)
216596.RL3820(+)
216596.RL2417(+)
216596.RL2967(+)
216596.RL0835(+)
216596.RL2184(+)
216596.RL0907(+)
216596.RL0906(+)
216596.RL4561(+)
216596.RL1610(+)
216596.RL3407(+)
216596.RL2403(+)
216596.RL4114(+)
216596.RL1163(+)
216596.RL2755(+)
216596.RL2995(+)
216596.RL2190(+)
216596.RL2351(+)
216596.RL0136(+)
216596.RL3625(+)
216596.RL3243(+)
216596.RL3930(+)
216596.RL1088(+)
216596.RL4586(+)
216596.RL4589(+)
216596.RL3808(+)
216596.RL3507(+)
216596.RL1682(+)
216596.RL0743(+)
216596.RL2737(+)
216596.RL3393(+)
216596.RL2217(+)
216596.RL0855(+)
216596.RL2692(+)
216596.RL1083(+)
216596.RL4167(+)
216596.RL1892(+)
216596.RL3107(+)
216596.RL0102(+)
216596.RL4226(+)
216596.RL0072(+)
216596.RL1671(+)
216596.RL3505(+)
216596.RL4372(+)
216596.RL1303(+)
216596.RL2203(+)
216596.RL1478(+)
216596.RL2024(+)
216596.RL3009(+)
216596.RL3139(+)
216596.RL3489(+)
216596.RL3483(+)
216596.RL1936(+)
216596.RL1423(+)
216596.RL2520(+)
216596.RL1335(+)
216596.RL2238(+)
216596.RL1026(+)
216596.RL2574(+)
216596.RL4490(+)
216596.RL3783(+)
216596.RL3924(+)
216596.RL1257(+)
216596.RL1431(+)
216596.RL3032(+)
216596.RL0093(+)
216596.RL2535(+)
216596.RL2537(+)
216596.RL1323(+)
216596.RL0077(+)
216596.RL4359(+)
216596.RL2318(+)
216596.RL2005(+)
216596.RL0882(+)
216596.RL0281(+)
216596.RL3190(+)
216596.RL3850(+)
216596.RL4643(+)
216596.RL3066+
216596.RL3200(+)
216596.RL3203(+)
216596.RL1127(+)
216596.RL0084(+)
216596.RL0641(+)
216596.RL1134(+)
216596.RL4412(+)
216596.RL4175(+)
216596.RL1353(+)
216596.RL4179(+)
216596.RL0531(+)
216596.RL2250(+)
216596.RL2793(+)
216596.RL0023(+)
216596.RL1007(+)
216596.RL1129(+)
216596.RL3672(+)
216596.RL0403(+)
216596.RL3219(+)
216596.RL0636(+)
216596.RL0622(+)
216596.RL0748(+)
216596.RL1343(+)
216596.RL4536(+)
216596.RL3513(+)
216596.RL4152(+)
216596.RL2241(+)
216596.RL2487(+)
216596.RL2800(+)
216596.RL0065(+)
216596.RL2114(+)
216596.RL4410(+)
216596.RL0788(+)
216596.RL0240(+)
216596.RL3061(+)
216596.RL4329(+)
216596.RL0624(+)
216596.RL4184(+)
216596.RL1114(+)
216596.RL1118(+)
216596.RL0079(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.25 (2/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================