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Effective results for Ruminococcus albus 8 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 154
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 30 eukaryotic-like domains, contained in 154 proteins (3 high, 151 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
246199.CUS_7022(PF08757) (PF13287)ER
246199.CUS_6909(PF00759) (PF02018)ER
246199.CUS_6906(PF02156) (PF16990)ER
246199.CUS_5875(PF03415) (PF13306)ER
246199.CUS_6119(PF00759) (PF02018)ER
246199.CUS_7090(PF00759) (PF02018)ER; (ER)
246199.CUS_7783(PF00150) (PF02018)mitochondrial; (mitochondrial)
246199.CUS_7424(PF02156) (PF16990)ER
246199.CUS_5151(PF00457) (PF02018)ER; (ER)
246199.CUS_7324(PF08757) (PF13287)ER
246199.CUS_6528(PF00457) (PF02018)mitochondrial; ER
246199.CUS_5774(PF08757) (PF13287)ER
246199.CUS_5681(PF02156) (PF16990)ER
246199.CUS_5170(PF08757) (PF13287)(ER)
246199.CUS_6444(PF02156) (PF16990)ER
246199.CUS_7396(PF13306)ER
246199.CUS_5255(PF13306)ER
246199.CUS_6258(PF13306)(ER); ER
246199.CUS_6389(PF00150)ER; (ER)
246199.CUS_6386(PF00150)ER; (ER)
246199.CUS_4934(PF13306)ER
246199.CUS_6391(PF16990)ER
246199.CUS_8158(PF00150)ER
246199.CUS_5279(PF02156)(ER)
246199.CUS_6127(PF00150)(mitochondrial)
246199.CUS_5667(PF02018)ER; (ER)
246199.CUS_5668(PF01095)ER
246199.CUS_5047(PF01095)ER; (ER)
246199.CUS_5441(PF00759)ER
246199.CUS_5912PF01456ER
246199.CUS_6003(PF12158)ER; (ER)
246199.CUS_6227(PF00150)ER
246199.CUS_7513(PF13306)ER
246199.CUS_6910(PF00759)ER
246199.CUS_6911(PF13306)ER
246199.CUS_8085(PF01841)ER
246199.CUS_5679(PF02018)(ER)
246199.CUS_6966(PF13306)ER
246199.CUS_5843(PF00150)(ER)
246199.CUS_7835(PF08757)ER
246199.CUS_5609(PF00150)mitochondrial; (mitochondrial)
246199.CUS_6027(PF13306)ER
246199.CUS_6025(PF13306)ER
246199.CUS_6112PF00240ER
246199.CUS_7407(PF06541)ER
246199.CUS_6970(PF00150)(ER); (mitochondrial)
246199.CUS_5037(PF02018)ER
246199.CUS_7780PF02210mitochondrial
246199.CUS_5556(PF13306)ER
246199.CUS_7316(PF01841)ER
246199.CUS_5869(PF01841)ER
246199.CUS_6091(PF00150)ER
246199.CUS_7541(PF01841)ER
246199.CUS_7432(PF01841)ER
246199.CUS_7433(PF01841)ER
246199.CUS_5370(PF06541)ER
246199.CUS_5377(PF01841)ER
246199.CUS_4964(PF01841)ER
246199.CUS_5392(PF01841)ER
246199.CUS_5145(PF13306)ER
246199.CUS_5680(PF00759)ER
246199.CUS_5684(PF01841)ER
246199.CUS_8100(PF00150)ER
246199.CUS_4893(PF08757)ER
246199.CUS_7715(PF00150)(mitochondrial)
246199.CUS_7710(PF06541)ER
246199.CUS_8118(PF13306)ER
246199.CUS_8119(PF13306)ER
246199.CUS_5430(PF00759)ER
246199.CUS_5181(PF12158)(ER)
246199.CUS_7678(PF00150)ER
246199.CUS_5756(PF09683)mitochondrial; (mitochondrial)
246199.CUS_7746(PF00239)(mitochondrial)
246199.CUS_6002(PF12158)(ER)
246199.CUS_4695(PF00148)(mitochondrial)
246199.CUS_7935(PF00148)(mitochondrial)
246199.CUS_4685(PF00239)(mitochondrial)
246199.CUS_5002(PF02156)(ER)
246199.CUS_5374(PF13597)(mitochondrial)
246199.CUS_7012(PF12646)(mitochondrial)
246199.CUS_6462(PF13597)
246199.CUS_7739(PF03432)
246199.CUS_7737(PF00239)
246199.CUS_7736(PF00239)
246199.CUS_4291(PF00239)not used
246199.CUS_5355(PF00239)
246199.CUS_5350(PF00239)
246199.CUS_5888(PF00239)
246199.CUS_6803(PF00239)
246199.CUS_5894(PF03432)
246199.CUS_4386(PF00239)
246199.CUS_4418(PF13151)
246199.CUS_4389(PF00239)not used
246199.CUS_5276(PF00148)
246199.CUS_5277(PF00148)
246199.CUS_4396(PF03063)not used
246199.CUS_4629(PF02410)not used
246199.CUS_4627(PF02410)
246199.CUS_4294(PF00239)
246199.CUS_6741(PF00150)
246199.CUS_6730(PF01841)
246199.CUS_7179(PF03415)
246199.CUS_7994(PF13306)
246199.CUS_5458(PF00239)
246199.CUS_7181(PF01095)
246199.CUS_7762(PF13597)
246199.CUS_4869(PF00239)
246199.CUS_4863(PF03432)
246199.CUS_5119(PF00239)
246199.CUS_4515(PF00239)
246199.CUS_5930(PF03432)
246199.CUS_5935(PF00239)
246199.CUS_5937(PF00239)
246199.CUS_5338(PF04991)
246199.CUS_5335(PF04991)
246199.CUS_5333(PF04991)
246199.CUS_6116(PF00148)
246199.CUS_6115(PF00148)
246199.CUS_6373(PF00239)
246199.CUS_7086(PF03063)
246199.CUS_4672(PF00239)
246199.CUS_4328(PF03063)
246199.CUS_4325(PF00239)
246199.CUS_5109(PF01841)
246199.CUS_4696(PF00148)
246199.CUS_7363(PF13306)
246199.CUS_7969(PF06541)
246199.CUS_7895(PF00239)
246199.CUS_7898(PF00239)
246199.CUS_5009(PF03063)
246199.CUS_4537(PF00239)
246199.CUS_7934(PF00148)
246199.CUS_5318(PF13306)
246199.CUS_6405(PF01991)
246199.CUS_4540(PF00239)
246199.CUS_4549(PF01841)
246199.CUS_5121(PF00239)
246199.CUS_6323(PF02018)
246199.CUS_7058(PF10021)
246199.CUS_7334(PF13306)
246199.CUS_7932(PF00148)
246199.CUS_7931(PF00148)
246199.CUS_6886(PF13306)
246199.CUS_4870(PF00239)
246199.CUS_5194(PF03432)
246199.CUS_7261(PF00239)
246199.CUS_7462(PF03432)
246199.CUS_7714(PF14512)
246199.CUS_4582(PF00239)
246199.CUS_7902(PF03432)
246199.CUS_7277(PF04991)
246199.CUS_7874(PF10021)
246199.CUS_4591(PF14512)
246199.CUS_4354(PF00239)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================