Effective results for Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 99
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 21 eukaryotic-like domains, contained in 99 proteins (2 high, 97 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
443218.AS9A_2342(PF06974) (PF03007)ER
443218.AS9A_0458(PF03007) (PF06974)(plastid)
443218.AS9A_0733(PF13738)(ER)
443218.AS9A_2223(PF00743)(mitochondrial)
443218.AS9A_1436(PF13810)ER
443218.AS9A_0436(PF10604)(mitochondrial)
443218.AS9A_0120(PF10604)ER
443218.AS9A_2381(PF03007) (PF06974)(ER)
443218.AS9A_3942(PF04030)mitochondrial; (mitochondrial)
443218.AS9A_4248(PF08326)mitochondrial; (mitochondrial)
443218.AS9A_0459(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_4000(PF10604)(plastid)
443218.AS9A_4210(PF00743)(ER)
443218.AS9A_0903(PF03007) (PF06974)
443218.AS9A_2689(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2228(PF03007) (PF06974)
443218.AS9A_3785(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_4174(PF03007) (PF06974)
443218.AS9A_2332(PF07958) (PF12471)
443218.AS9A_0241(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_1683(PF00743) (PF13738)
443218.AS9A_2816(PF13738)(ER)
443218.AS9A_1100(PF03007) (PF06974)
443218.AS9A_0787(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2262(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2921(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2726(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2950(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2380(PF10604)(mitochondrial)
443218.AS9A_2213(PF06974) (PF03007)
443218.AS9A_2187(PF14832)(ER)
443218.AS9A_0023(PF10604)
443218.AS9A_0118(PF04030)
443218.AS9A_2778PF01231
443218.AS9A_2206PF00837
443218.AS9A_2611(PF00487)
443218.AS9A_1645(PF10604)
443218.AS9A_2744(PF05088)
443218.AS9A_3017(PF05088)
443218.AS9A_0046(PF10604)
443218.AS9A_0041(PF04030)
443218.AS9A_4205(PF13738)
443218.AS9A_3799(PF00487)
443218.AS9A_1406(PF04030)
443218.AS9A_2686(PF10604)
443218.AS9A_3328(PF00743)
443218.AS9A_1413(PF10604)
443218.AS9A_3927(PF00743)
443218.AS9A_1232(PF13810)
443218.AS9A_1245(PF13810)
443218.AS9A_0890(PF10604)
443218.AS9A_3079(PF13738)
443218.AS9A_3076(PF00487)
443218.AS9A_2809(PF13738)
443218.AS9A_4317(PF00743)
443218.AS9A_3048(PF00487)
443218.AS9A_3782(PF00487)
443218.AS9A_2277(PF06314)
443218.AS9A_2278(PF00743)
443218.AS9A_1928(PF00743)
443218.AS9A_3516(PF10604)
443218.AS9A_1354(PF00743)
443218.AS9A_2002(PF10604)
443218.AS9A_2487(PF13738)
443218.AS9A_3990(PF02882)
443218.AS9A_1171(PF10604)
443218.AS9A_2066(PF10604)
443218.AS9A_0170(PF06314)
443218.AS9A_0175(PF10604)
443218.AS9A_2113(PF00487)
443218.AS9A_1158(PF13738)
443218.AS9A_3150(PF00743)
443218.AS9A_1364(PF05088)
443218.AS9A_4470(PF00487)
443218.AS9A_2121(PF00487)
443218.AS9A_0967(PF02882)
443218.AS9A_0818(PF00487)
443218.AS9A_0159(PF06314)
443218.AS9A_0158(PF13738)
443218.AS9A_3609(PF00487)
443218.AS9A_0975(PF02882)
443218.AS9A_3175(PF00487)
443218.AS9A_4499(PF10604)
443218.AS9A_3612(PF00487)
443218.AS9A_2385(PF03982)
443218.AS9A_2388(PF00743)
443218.AS9A_2411(PF10604)
443218.AS9A_2414(PF13738)
443218.AS9A_2567(PF17048)
443218.AS9A_0719(PF06314)
443218.AS9A_3620(PF08354)
443218.AS9A_2396(PF00487)
443218.AS9A_0220(PF10604)
443218.AS9A_1062(PF05088)
443218.AS9A_0720(PF00743)
443218.AS9A_1669(PF05761)
443218.AS9A_1294(PF10604)
443218.AS9A_2168(PF10604)
443218.AS9A_0212(PF13738)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================