Effective results for Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 287
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 56 eukaryotic-like domains, contained in 287 proteins (3 high, 284 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
455632.SGR_814(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF13745) (PF16197) (PF00550) (PF00975) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6785(PF14765) (PF02801) (PF16197) (PF00550) (PF00975) (PF08659) (PF00109)(ER)
455632.SGR_6183(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF00975) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6179(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6373(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6372(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6371(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6370(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6776(PF14765) (PF02801) (PF13745) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6778(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6180(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6181(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6182(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6073(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6074(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6077(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6083(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_1482(PF17103) (PF17101) (PF11380) (PF17102)(mitochondrial); plastid
455632.SGR_609(PF14765) (PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_278(PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6075(PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6076(PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6078(PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF08659) (PF00109)
455632.SGR_6777(PF02801) (PF00975) (PF16197) (PF00550) (PF00109)
455632.SGR_2484(PF02801) (PF00698) (PF16197) (PF00550) (PF00109)
455632.SGR_3286(PF00975) (PF00550)(mitochondrial)
455632.SGR_6639(PF02801) (PF00109)(ER)
455632.SGR_1480(PF11380) (PF17102) (PF17101) (PF17103)
455632.SGR_1344(PF02801) (PF00109)ER; (ER)
455632.SGR_2952(PF02983) (PF00089)ER; (ER)
455632.SGR_5770(PF02983) (PF00089)(mitochondrial)
455632.SGR_6802(PF05922) (PF01483)ER
455632.SGR_450(PF13745) (PF00550)(ER)
455632.SGR_2459(PF05922) (PF01483)(ER); ER
455632.SGR_6780(PF00698) (PF00550)(mitochondrial)
455632.SGR_370(PF02983) (PF00089)mitochondrial
455632.SGR_5762(PF02983) (PF00089)(mitochondrial)
455632.SGR_6098(PF01595)ER
455632.SGR_6097(PF01595)ER
455632.SGR_4496(PF01510)ER
455632.SGR_1518(PF00664)(ER)
455632.SGR_6391(PF00664)ER
455632.SGR_6392(PF00664)ER
455632.SGR_1700(PF00089)ER
455632.SGR_2080(PF01510)ER; (mitochondrial)
455632.SGR_6377(PF14108)(ER); ER
455632.SGR_80t(PF03668)(mitochondrial)
455632.SGR_656(PF01061)(mitochondrial)
455632.SGR_653(PF00975) (PF13745) (PF00550)
455632.SGR_5444(PF01061)(mitochondrial); plastid
455632.SGR_4740(PF03067)ER
455632.SGR_5090(PF16317)ER
455632.SGR_2125(PF01341)mitochondrial; (ER)
455632.SGR_6739(PF00975) (PF13745) (PF00550)
455632.SGR_6855(PF03067)ER
455632.SGR_6715(PF00664)(mitochondrial); (plastid)
455632.SGR_1452(PF08386)ER
455632.SGR_1986(PF02983)ER
455632.SGR_4030(PF01061)(mitochondrial)
455632.SGR_1468(PF08386)ER; (ER)
455632.SGR_7059t(PF03668)(mitochondrial)
455632.SGR_1711(PF03747)(ER)
455632.SGR_1241(PF00089)ER; (ER)
455632.SGR_900(PF00550)mitochondrial; (mitochondrial)
455632.SGR_3257(PF00975)mitochondrial; (mitochondrial)
455632.SGR_1348(PF01510)mitochondrial
455632.SGR_2445(PF01341)ER
455632.SGR_1586(PF00664)(ER)
455632.SGR_52t(PF07510)ER
455632.SGR_2607(PF08386)ER
455632.SGR_4791(PF00664)(ER)
455632.SGR_2956(PF03067)ER
455632.SGR_4305(PF02983)ER
455632.SGR_349(PF01510)mitochondrial; (mitochondrial)
455632.SGR_759(PF02983)ER
455632.SGR_2345(PF08386)ER
455632.SGR_301(PF01595)ER
455632.SGR_300(PF01595)ER
455632.SGR_5161(PF07510)mitochondrial
455632.SGR_7055t(PF07510)ER
455632.SGR_4819(PF01510)(ER)
455632.SGR_5773(PF03067)ER
455632.SGR_5809(PF01483)ER; (ER)
455632.SGR_6609(PF03423)ER
455632.SGR_589(PF00664)(mitochondrial)
455632.SGR_3652(PF10138) (PF02342)(mitochondrial)
455632.SGR_2095(PF01483)ER; (ER)
455632.SGR_6599(PF08386)(ER); plastid
455632.SGR_6621(PF05922)ER
455632.SGR_5592(PF01061)(ER)
455632.SGR_4258(PF05719)ER; (ER)
455632.SGR_3644(PF00664)mitochondrial
455632.SGR_199(PF03067)ER
455632.SGR_2837(PF00089)ER
455632.SGR_4425(PF07510)ER
455632.SGR_5885(PF14108)ER
455632.SGR_897(PF13745) (PF00550)(ER)
455632.SGR_235(PF01730)ER; plastid
455632.SGR_4563(PF00664)ER
455632.SGR_4702(PF01341)(mitochondrial); (ER)
455632.SGR_4707(PF03067)ER
455632.SGR_6483(PF01595)ER
455632.SGR_6482(PF01595)ER
455632.SGR_6570(PF17048)ER
455632.SGR_5004(PF01595)ER
455632.SGR_4060(PF02983)(mitochondrial); (ER)
455632.SGR_7087t(PF07510)ER
455632.SGR_493(PF13653)ER
455632.SGR_1411(PF05922)(ER)
455632.SGR_533(PF00664)mitochondrial
455632.SGR_3503(PF01510)ER
455632.SGR_3264(PF00975) (PF13745) (PF00550)
455632.SGR_3265(PF13745) (PF00550)(ER)
455632.SGR_4319(PF01061)mitochondrial
455632.SGR_6928(PF01341)(mitochondrial)
455632.SGR_5069(PF00664)(mitochondrial); mitochondrial
455632.SGR_6274(PF01595)ER
455632.SGR_6275(PF01595)ER
455632.SGR_5506(PF00089)mitochondrial
455632.SGR_2968(PF05719)ER
455632.SGR_3977(PF01061)(mitochondrial)
455632.SGR_84t(PF07510)ER
455632.SGR_2865(PF01510)(plastid)
455632.SGR_6636(PF02801) (PF00109)
455632.SGR_4246(PF00264)(mitochondrial)
455632.SGR_2595(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_448(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_2395(PF00664)(mitochondrial)
455632.SGR_3254(PF02801) (PF00109)
455632.SGR_3253(PF02801) (PF00109)
455632.SGR_6564(PF02342)(plastid)
455632.SGR_6931(PF00348)(ER)
455632.SGR_2485(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_449(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_3239(PF00975)(mitochondrial)
455632.SGR_54t(PF05834)(ER)
455632.SGR_3291(PF00348)(plastid)
455632.SGR_583(PF00975) (PF00550)
455632.SGR_580(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_876(PF01061)plastid
455632.SGR_6824(PF05834)(ER)
455632.SGR_5105(PF02801) (PF00109)
455632.SGR_2588(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_2589(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_5313(PF07931)(plastid)
455632.SGR_6323(PF00664)(plastid)
455632.SGR_2155(PF01061)(mitochondrial)
455632.SGR_918(PF01483)plastid
455632.SGR_4951(PF00089)(ER)
455632.SGR_7085t(PF05834)(ER)
455632.SGR_6944(PF08386)plastid
455632.SGR_6962(PF05922)(mitochondrial)
455632.SGR_3266(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_5251(PF01061)(plastid)
455632.SGR_575(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_579(PF13745) (PF00550)
455632.SGR_6234(PF07931)
455632.SGR_1136PF00022
455632.SGR_6178(PF00975)
455632.SGR_5133(PF02342)
455632.SGR_5134(PF02342)
455632.SGR_5137(PF02342)
455632.SGR_4848(PF01510)
455632.SGR_4140(PF01061)
455632.SGR_4147PF08213not used
455632.SGR_6589(PF00664)
455632.SGR_6637(PF01756)
455632.SGR_6638(PF00550)
455632.SGR_7079t(PF00348)
455632.SGR_6830(PF00348)
455632.SGR_2596(PF01061)
455632.SGR_5875(PF03747)
455632.SGR_4416(PF01061)
455632.SGR_1408(PF00664)
455632.SGR_1407(PF00664)
455632.SGR_5667PF14447
455632.SGR_968(PF01061)
455632.SGR_963(PF00348)
455632.SGR_6730(PF00550)
455632.SGR_161(PF01061)
455632.SGR_3283(PF00698)
455632.SGR_443(PF00664)
455632.SGR_444(PF00664)
455632.SGR_6717(PF00664)
455632.SGR_6716(PF00550)
455632.SGR_200(PF00975)
455632.SGR_142(PF01756)
455632.SGR_6065(PF03936)
455632.SGR_1714(PF02342)
455632.SGR_3117(PF01061)
455632.SGR_7084t(PF01209)
455632.SGR_3255(PF00550)
455632.SGR_3252(PF00109)
455632.SGR_5957(PF05719)
455632.SGR_4538(PF01061)
455632.SGR_5480(PF03747)
455632.SGR_5481(PF03747)
455632.SGR_5486(PF10138)
455632.SGR_2422(PF05448)
455632.SGR_1345(PF00550)
455632.SGR_3398(PF00089)
455632.SGR_5036(PF00089)
455632.SGR_2447(PF00264)
455632.SGR_4076(PF01061)
455632.SGR_6911(PF17189)
455632.SGR_1585(PF00664)
455632.SGR_527(PF00264)
455632.SGR_835(PF05448)
455632.SGR_5916(PF00664)
455632.SGR_5915(PF00664)
455632.SGR_6790(PF00550)
455632.SGR_2487(PF00975)
455632.SGR_2489(PF00550)
455632.SGR_6478(PF02342)
455632.SGR_6479(PF02342)
455632.SGR_341(PF02342)
455632.SGR_2206(PF03747)
455632.SGR_2566(PF01061)
455632.SGR_2990(PF01209)
455632.SGR_5570(PF03668)
455632.SGR_5559(PF02342)
455632.SGR_107t(PF02945)
455632.SGR_586(PF00550)
455632.SGR_584(PF00550)
455632.SGR_2263(PF00348)
455632.SGR_6825(PF01209)
455632.SGR_1324(PF05147)
455632.SGR_2092(PF00664)
455632.SGR_2091(PF00664)
455632.SGR_5108(PF00698)
455632.SGR_5106(PF00550)
455632.SGR_2708(PF01789)
455632.SGR_5733(PF03747)
455632.SGR_5739(PF02224)
455632.SGR_6341(PF00089)
455632.SGR_5690(PF01061)
455632.SGR_5479(PF03747)
455632.SGR_5478(PF03747)
455632.SGR_4252(PF03747)
455632.SGR_60t(PF00348)
455632.SGR_2346(PF08386)
455632.SGR_2587(PF00975)
455632.SGR_6328(PF00664)
455632.SGR_6324(PF00664)
455632.SGR_3846(PF05147)
455632.SGR_3840(PF01186)
455632.SGR_3865(PF01061)
455632.SGR_197(PF02224)
455632.SGR_6862(PF00102)
455632.SGR_6300(PF01774)
455632.SGR_3803(PF01061)
455632.SGR_4761(PF05719)
455632.SGR_233(PF01774)
455632.SGR_152(PF05147)
455632.SGR_5614(PF02342)
455632.SGR_4562(PF00664)
455632.SGR_7126t(PF17189)
455632.SGR_13t(PF17189)
455632.SGR_4049(PF02342)
455632.SGR_2329(PF02342)
455632.SGR_6578(PF00664)
455632.SGR_3249(PF00109)
455632.SGR_3244(PF00550)
455632.SGR_3714(PF02342)
455632.SGR_6298(PF01730)
455632.SGR_6574(PF05147)
455632.SGR_6579(PF00664)
455632.SGR_250(PF06241)
455632.SGR_532(PF00664)
455632.SGR_7032t(PF02945)
455632.SGR_3261(PF01061)
455632.SGR_2028(PF01510)
455632.SGR_516(PF00348)
455632.SGR_6782(PF00698)
455632.SGR_6783(PF00550)
455632.SGR_6079(PF00975)
455632.SGR_5068(PF00664)
455632.SGR_6404(PF01756)
455632.SGR_3224(PF00664)
455632.SGR_55t(PF01209)
455632.SGR_2964(PF00348)
455632.SGR_6428(PF05448)
455632.SGR_3795(PF10138)
455632.SGR_5560(PF02342)
455632.SGR_4809(PF05147)
455632.SGR_845(PF01730)
455632.SGR_843(PF01774)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================