Effective results for Pseudomonas putida GB-1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 721
- Predicted by EffectiveT3: 209 (high confidence), 316 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 19 within, 20 before, 39 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 111
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 55 proteins (0 high, 55 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
76869.PputGB1_1415(<)ER
76869.PputGB1_2851(PF06039)ER
76869.PputGB1_0343+(ER); (mitochondrial)
76869.PputGB1_2115(>)ER
76869.PputGB1_4443+ER
76869.PputGB1_3781+(ER)
76869.PputGB1_2048(PF11162)ER
76869.PputGB1_2046+ER
76869.PputGB1_4141(PF06039)ER
76869.PputGB1_4146(PF13488)ER
76869.PputGB1_0375(PF06293)(ER)
76869.PputGB1_3257+(ER)
76869.PputGB1_2456+(ER); (mitochondrial)
76869.PputGB1_5402+ER
76869.PputGB1_5081(PF00324)(mitochondrial)
76869.PputGB1_0812(PF13488)ER
76869.PputGB1_3873(>)ER
76869.PputGB1_0551+mitochondrial
76869.PputGB1_4122+ER
76869.PputGB1_0481(>)mitochondrial; (mitochondrial)
76869.PputGB1_2507+ER
76869.PputGB1_1562+ER
76869.PputGB1_1387+ER
76869.PputGB1_4116+ER
76869.PputGB1_0126(<)ER
76869.PputGB1_3349+ER
76869.PputGB1_3049(>)ER
76869.PputGB1_1446(>)ER
76869.PputGB1_1943+ER
76869.PputGB1_2395(PF01852)ER
76869.PputGB1_2375+mitochondrial
76869.PputGB1_0024+ER
76869.PputGB1_0629+ER
76869.PputGB1_0371+ER
76869.PputGB1_4499(<)ER
76869.PputGB1_0841(>)ER; (ER)
76869.PputGB1_3147+ER
76869.PputGB1_1274(>)(ER)
76869.PputGB1_0704+(ER)
76869.PputGB1_2340+(mitochondrial); plastid
76869.PputGB1_2089(>)mitochondrial; (ER)
76869.PputGB1_2285+(ER)
76869.PputGB1_0280(PF13488)ER
76869.PputGB1_2924(>)ER
76869.PputGB1_0047+ER
76869.PputGB1_0042+ER
76869.PputGB1_3942+(mitochondrial); plastid
76869.PputGB1_3766(PF01852)ER
76869.PputGB1_0434+(ER); ER
76869.PputGB1_2587(PF00324)ER
76869.PputGB1_1616+ER; (ER)
76869.PputGB1_0615(PF07678)ER
76869.PputGB1_0059+mitochondrial; (mitochondrial)
76869.PputGB1_2240+ER
76869.PputGB1_2925+ER
76869.PputGB1_1133+(ER); (plastid)
76869.PputGB1_0263(>)ER
76869.PputGB1_0668+ER
76869.PputGB1_1911+(mitochondrial)
76869.PputGB1_3564(PF13488)ER
76869.PputGB1_3733(>)ER
76869.PputGB1_0955(>)(mitochondrial)
76869.PputGB1_4570+ER
76869.PputGB1_2257(PF13582)ER
76869.PputGB1_2920+ER
76869.PputGB1_2929+ER
76869.PputGB1_3905(>)ER
76869.PputGB1_4195+ER
76869.PputGB1_1378+ER
76869.PputGB1_3997(+)(>)(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_2139+mitochondrial
76869.PputGB1_4732+ER
76869.PputGB1_1661(PF06039)ER
76869.PputGB1_5167+(mitochondrial)
76869.PputGB1_5163+(mitochondrial)
76869.PputGB1_0330+ER
76869.PputGB1_4064+ER
76869.PputGB1_5354+(ER)
76869.PputGB1_1093+ER
76869.PputGB1_4221+ER
76869.PputGB1_3686+ER
76869.PputGB1_3025+ER
76869.PputGB1_0060+ER
76869.PputGB1_2464+ER
76869.PputGB1_0355+mitochondrial
76869.PputGB1_2510+ER
76869.PputGB1_4891(PF11162)ER
76869.PputGB1_1880+ER
76869.PputGB1_1885+(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_3529(+)mitochondrial
76869.PputGB1_2121+plastid
76869.PputGB1_3520+(<)
76869.PputGB1_1665(+)(ER)
76869.PputGB1_1414+(plastid)
76869.PputGB1_0169+(plastid)
76869.PputGB1_1838+plastid
76869.PputGB1_3816+(ER)
76869.PputGB1_3679+(PF00324)
76869.PputGB1_3252+(PF00324)
76869.PputGB1_3070(+)(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_5089(+)(ER)
76869.PputGB1_3488+(ER)
76869.PputGB1_1963(+)ER
76869.PputGB1_0392++
76869.PputGB1_3875+(PF02133)
76869.PputGB1_3056(+)ER; (ER)
76869.PputGB1_3126(+)ER
76869.PputGB1_4080(+)ER; (ER)
76869.PputGB1_1369(<)(mitochondrial)
76869.PputGB1_0944(<)+
76869.PputGB1_2977(+)mitochondrial; (plastid)
76869.PputGB1_2575+
76869.PputGB1_1272(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_3315+(plastid)
76869.PputGB1_4001(PF00324)(ER)
76869.PputGB1_0039(<)(mitochondrial)
76869.PputGB1_1005(+)(ER)
76869.PputGB1_3939+plastid
76869.PputGB1_3621+(plastid)
76869.PputGB1_4594+(plastid)
76869.PputGB1_1558(+)+(plastid)
76869.PputGB1_1553(+)ER; (mitochondrial)
76869.PputGB1_0198(+)mitochondrial
76869.PputGB1_2298(>)(plastid)
76869.PputGB1_5261+(ER)
76869.PputGB1_4287(+)ER; (ER)
76869.PputGB1_3951+plastid
76869.PputGB1_0377(+)ER
76869.PputGB1_3084+(mitochondrial)
76869.PputGB1_0405+(ER)
76869.PputGB1_2109+ER
76869.PputGB1_2038+(PF00324)
76869.PputGB1_2252+(PF02133)
76869.PputGB1_1854(+)(ER)
76869.PputGB1_5003(+)mitochondrial
76869.PputGB1_4197(+)(ER)
76869.PputGB1_0416(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_5027+(ER)
76869.PputGB1_4974+(PF02133)
76869.PputGB1_3407+(mitochondrial)
76869.PputGB1_0313+plastid
76869.PputGB1_2267+(PF02133)
76869.PputGB1_0792(PF06039)(ER)
76869.PputGB1_1063+(plastid)
76869.PputGB1_4816(>)+
76869.PputGB1_2877(+)mitochondrial
76869.PputGB1_5229+(plastid)
76869.PputGB1_1892+(plastid)
76869.PputGB1_0957(>)(mitochondrial)
76869.PputGB1_2665+(mitochondrial)
76869.PputGB1_1465(+)ER; mitochondrial
76869.PputGB1_4896+(PF00324)
76869.PputGB1_4392(+)(mitochondrial); (plastid)
76869.PputGB1_4301+(mitochondrial)
76869.PputGB1_1112(>)
76869.PputGB1_3236+
76869.PputGB1_3237(+)(plastid)
76869.PputGB1_3838(>)
76869.PputGB1_3524+
76869.PputGB1_4438+
76869.PputGB1_3302+
76869.PputGB1_3659+
76869.PputGB1_0918(+)(plastid)
76869.PputGB1_3018+
76869.PputGB1_4541+
76869.PputGB1_3682+
76869.PputGB1_3232+
76869.PputGB1_4969(+)(plastid)
76869.PputGB1_2727+
76869.PputGB1_2475(+)(plastid)
76869.PputGB1_0244+
76869.PputGB1_5347+
76869.PputGB1_2070+
76869.PputGB1_2073+
76869.PputGB1_2072+
76869.PputGB1_1326+
76869.PputGB1_1253+
76869.PputGB1_4384(+)(plastid)
76869.PputGB1_3510+
76869.PputGB1_1741(<)
76869.PputGB1_1747(<)
76869.PputGB1_5375+
76869.PputGB1_5379+
76869.PputGB1_5378+
76869.PputGB1_4936+
76869.PputGB1_3225+
76869.PputGB1_3224+
76869.PputGB1_3228+
76869.PputGB1_0901+
76869.PputGB1_0907(+)(plastid)
76869.PputGB1_4823(>)
76869.PputGB1_2629+
76869.PputGB1_4115+
76869.PputGB1_1628+
76869.PputGB1_2533(+)(plastid)
76869.PputGB1_1624+
76869.PputGB1_4766+
76869.PputGB1_0113+
76869.PputGB1_5090(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_2588(<)
76869.PputGB1_4744+
76869.PputGB1_4924(>)
76869.PputGB1_0374(PF06293)
76869.PputGB1_3676+
76869.PputGB1_2233+
76869.PputGB1_0804+
76869.PputGB1_3102+
76869.PputGB1_3100(PF02133)
76869.PputGB1_2186(>)
76869.PputGB1_2180+
76869.PputGB1_4885+
76869.PputGB1_2586+
76869.PputGB1_1439+
76869.PputGB1_5405(+)+
76869.PputGB1_0743(+)(PF02133)
76869.PputGB1_0581(<)
76869.PputGB1_0742+
76869.PputGB1_0566+
76869.PputGB1_0109+
76869.PputGB1_4913+
76869.PputGB1_1834(+)(plastid)
76869.PputGB1_1968+
76869.PputGB1_3660+not used
76869.PputGB1_1789+
76869.PputGB1_0810+
76869.PputGB1_0817(+)(<)
76869.PputGB1_0816(<)
76869.PputGB1_0818+
76869.PputGB1_3110+
76869.PputGB1_3688+
76869.PputGB1_4183+
76869.PputGB1_5039+
76869.PputGB1_4975+
76869.PputGB1_1518+
76869.PputGB1_1778(PF02133)
76869.PputGB1_5325+
76869.PputGB1_4872+
76869.PputGB1_4874+
76869.PputGB1_3581+
76869.PputGB1_3296(+)(plastid)
76869.PputGB1_3299+
76869.PputGB1_3725+
76869.PputGB1_1869+
76869.PputGB1_0282+
76869.PputGB1_2549+
76869.PputGB1_2543+
76869.PputGB1_1567(<)
76869.PputGB1_1565(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_2946+
76869.PputGB1_5333+
76869.PputGB1_5330+
76869.PputGB1_1386+
76869.PputGB1_1389+
76869.PputGB1_4110(>)
76869.PputGB1_4111+
76869.PputGB1_4114(+)(PF00324)
76869.PputGB1_4803+
76869.PputGB1_4483(PF06293)
76869.PputGB1_3285+
76869.PputGB1_0831+
76869.PputGB1_3138(>)
76869.PputGB1_2692+
76869.PputGB1_2713(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_2405+
76869.PputGB1_2394(PF00324)
76869.PputGB1_2396+
76869.PputGB1_0111+
76869.PputGB1_2979+
76869.PputGB1_1717+
76869.PputGB1_0158+
76869.PputGB1_0623+
76869.PputGB1_2950+
76869.PputGB1_0442(+)(>)
76869.PputGB1_4814+
76869.PputGB1_4811+
76869.PputGB1_3637(PF02133)
76869.PputGB1_0847(>)
76869.PputGB1_3140+
76869.PputGB1_1719+
76869.PputGB1_3347(+)+
76869.PputGB1_4746+
76869.PputGB1_2380(+)+
76869.PputGB1_2706+
76869.PputGB1_2968+
76869.PputGB1_5285+
76869.PputGB1_2565+
76869.PputGB1_2564(>)
76869.PputGB1_0705+
76869.PputGB1_1725+
76869.PputGB1_0631(+)(plastid)
76869.PputGB1_0450(<)
76869.PputGB1_4326+
76869.PputGB1_4624+
76869.PputGB1_3440+
76869.PputGB1_0533+
76869.PputGB1_3933+
76869.PputGB1_3790+
76869.PputGB1_3936+
76869.PputGB1_4538(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_3152+
76869.PputGB1_2179(PF00324)
76869.PputGB1_2779+
76869.PputGB1_5272+
76869.PputGB1_3824+
76869.PputGB1_0735+
76869.PputGB1_2826+
76869.PputGB1_0281+
76869.PputGB1_0286(>)
76869.PputGB1_1737+
76869.PputGB1_1735(<)
76869.PputGB1_0045+
76869.PputGB1_0992(+)(plastid)
76869.PputGB1_3941+
76869.PputGB1_1441+
76869.PputGB1_3098(PF00324)
76869.PputGB1_3763(+)(mitochondrial)
76869.PputGB1_3384+
76869.PputGB1_3363+
76869.PputGB1_3901+
76869.PputGB1_0230+
76869.PputGB1_1726+
76869.PputGB1_0506+
76869.PputGB1_1670(>)
76869.PputGB1_2166(<)
76869.PputGB1_3922(+)(plastid)
76869.PputGB1_2764+
76869.PputGB1_2762(PF01129)
76869.PputGB1_2299+
76869.PputGB1_0727+
76869.PputGB1_2837+
76869.PputGB1_2836+
76869.PputGB1_0372(PF06293)
76869.PputGB1_0619+
76869.PputGB1_4021(>)
76869.PputGB1_5176+
76869.PputGB1_4353(PF00324)
76869.PputGB1_4604+
76869.PputGB1_3550+
76869.PputGB1_3954(>)
76869.PputGB1_3950+
76869.PputGB1_5053+
76869.PputGB1_3395+
76869.PputGB1_2241+
76869.PputGB1_3372(PF00324)
76869.PputGB1_4199(+)(>)
76869.PputGB1_5058+
76869.PputGB1_3178(PF11162)
76869.PputGB1_3081+
76869.PputGB1_4055+
76869.PputGB1_1658+not used
76869.PputGB1_5057+
76869.PputGB1_1071(>)
76869.PputGB1_1587(>)
76869.PputGB1_2349+
76869.PputGB1_1077+
76869.PputGB1_0426+
76869.PputGB1_3400+
76869.PputGB1_5059(+)plastid
76869.PputGB1_0266+
76869.PputGB1_0669(>)
76869.PputGB1_1917+
76869.PputGB1_1916+
76869.PputGB1_1910+
76869.PputGB1_4373+
76869.PputGB1_0062(+)+
76869.PputGB1_4270+
76869.PputGB1_3963+
76869.PputGB1_5263+
76869.PputGB1_1976+
76869.PputGB1_3182+
76869.PputGB1_2883+
76869.PputGB1_2227+
76869.PputGB1_0951+
76869.PputGB1_2034+
76869.PputGB1_3908+
76869.PputGB1_2637+
76869.PputGB1_1456+
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76869.PputGB1_3983+
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76869.PputGB1_0373(PF06293)
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76869.PputGB1_3898+
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76869.PputGB1_2786+
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76869.PputGB1_2654(+)(PF02133)
76869.PputGB1_2305+
76869.PputGB1_2872(PF00324)
76869.PputGB1_1652+
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76869.PputGB1_1276(+)(plastid)
76869.PputGB1_5224+
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76869.PputGB1_5393+
76869.PputGB1_2468+
76869.PputGB1_2466(+)(PF13151)
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76869.PputGB1_1792+
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76869.PputGB1_4930(+)
76869.PputGB1_1798(+)
76869.PputGB1_2263(+)
76869.PputGB1_1163(+)
76869.PputGB1_1085(+)
76869.PputGB1_1928(+)
76869.PputGB1_0279(+)
76869.PputGB1_4092(+)
76869.PputGB1_4300(+)
76869.PputGB1_4944(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================