Effective results for Desulfobacca acetoxidans DSM 11109 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 107
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 32 eukaryotic-like domains, contained in 107 proteins (8 high, 99 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
880072.Desac_0669(PF00037) (PF13237)(ER)
880072.Desac_1825(PF00684) (PF01556)(mitochondrial); plastid
880072.Desac_1351(PF01257) (PF10589) (PF00037) (PF10531)
880072.Desac_1339(PF16889)mitochondrial
880072.Desac_0675(PF13436)ER
880072.Desac_0250(PF10531)ER
880072.Desac_1055(PF01257) (PF10589) (PF10531)
880072.Desac_0817(PF00070)(mitochondrial)
880072.Desac_1072(PF01257) (PF10589) (PF10531)
880072.Desac_1070(PF01257) (PF10589) (PF10531)
880072.Desac_0654PF07798ER
880072.Desac_1066(PF01257) (PF10589) (PF10531)
880072.Desac_0535PF01599mitochondrial; (mitochondrial)
880072.Desac_2116(PF01257) (PF10589) (PF10531)
880072.Desac_0991(PF07998)ER
880072.Desac_1133(PF01326)ER
880072.Desac_2852(PF06421)ER
880072.Desac_0403(PF14701)ER
880072.Desac_1767(PF10531)ER
880072.Desac_1899(PF10531)ER
880072.Desac_0436(PF01326)(mitochondrial)
880072.Desac_0918(PF00037) (PF13237)
880072.Desac_0268(PF01556) (PF00684)
880072.Desac_0735(PF00037)(ER)
880072.Desac_0834(PF13237)(ER)
880072.Desac_2004(PF06071)(mitochondrial)
880072.Desac_2357(PF01556) (PF00684)
880072.Desac_2433(PF01555)
880072.Desac_0537(PF02732)
880072.Desac_1636PF07798
880072.Desac_0699(PF02384)
880072.Desac_0075(PF02384)
880072.Desac_0077(PF02384)
880072.Desac_0919(PF00037)
880072.Desac_0910(PF02384)
880072.Desac_0917(PF00037)
880072.Desac_2537(PF00037)
880072.Desac_2538(PF14697)
880072.Desac_2401(PF01555)
880072.Desac_1629(PF06421)
880072.Desac_1622(PF00037)
880072.Desac_0901(PF02229)
880072.Desac_1299PF07798
880072.Desac_1257PF16575
880072.Desac_0809PF07798
880072.Desac_0557(PF05168)
880072.Desac_2394(PF01326)
880072.Desac_1048(PF05168)
880072.Desac_1607(PF01326)
880072.Desac_1866(PF02384)
880072.Desac_0819(PF02219)
880072.Desac_2470(PF01555)
880072.Desac_2073(PF13246)
880072.Desac_1074(PF00037)
880072.Desac_0656(PF10609)
880072.Desac_1384(PF02384)
880072.Desac_1389(PF05168)
880072.Desac_0034(PF02219)
880072.Desac_2440(PF01326)
880072.Desac_0822(PF13237)
880072.Desac_0538(PF02229)
880072.Desac_0754(PF02384)
880072.Desac_2873(PF01556)
880072.Desac_0836(PF14697)
880072.Desac_0837(PF02219)
880072.Desac_0831(PF02219)
880072.Desac_2050(PF03063)
880072.Desac_1341(PF13246)
880072.Desac_0299(PF01326)
880072.Desac_1830(PF00037)
880072.Desac_0527PF07798
880072.Desac_2119(PF14697)
880072.Desac_2118(PF01980)
880072.Desac_0994(PF10609)
880072.Desac_1642PF07798
880072.Desac_1004(PF02943)
880072.Desac_1352(PF01257)
880072.Desac_1355(PF14697)
880072.Desac_1828(PF01555)
880072.Desac_2853(PF01555)
880072.Desac_1103(PF00037)
880072.Desac_1101(PF00037)
880072.Desac_1036(PF00037)
880072.Desac_0610(PF01555)
880072.Desac_0188(PF00037)
880072.Desac_0166(PF03063)
880072.Desac_0167(PF14697)
880072.Desac_0763(PF00037)
880072.Desac_1966(PF03063)
880072.Desac_2622(PF05168)
880072.Desac_2310(PF01980)
880072.Desac_0153(PF01556)
880072.Desac_0404(PF01980)
880072.Desac_1046(PF06071)
880072.Desac_0898(PF02384)
880072.Desac_1766(PF10609)
880072.Desac_1948(PF05189)
880072.Desac_2205(PF16889)
880072.Desac_1774(PF01326)
880072.Desac_1317(PF03063)
880072.Desac_0559(PF01555)
880072.Desac_0550(PF13237)
880072.Desac_0314(PF02219)
880072.Desac_0311(PF00037)
880072.Desac_1797(PF02933)
880072.Desac_2963(PF01555)
880072.Desac_1143(PF01326)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================