Effective results for Klebsiella oxytoca KCTC 1686 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 816
- Predicted by EffectiveT3: 180 (high confidence), 297 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 47 within, 29 before, 50 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 95
- Predicted by EffectiveELD: 27 eukaryotic-like domains, contained in 175 proteins (0 high, 175 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
1006551.KOX_08715+(PF00345)ER
1006551.KOX_20520+(>)ER
1006551.KOX_01815(>)(PF03222)(ER)
1006551.KOX_05765(PF08125) (PF01232)(mitochondrial)
1006551.KOX_03520+(PF00359)(mitochondrial)
1006551.KOX_05650(+)++(mitochondrial); (plastid)
1006551.KOX_00965+(PF00345)(ER); plastid
1006551.KOX_24020++(plastid)
1006551.KOX_23790(PF00345)ER
1006551.KOX_01860(PF00345)ER
1006551.KOX_18390(<)ER
1006551.KOX_10565(PF00939)ER
1006551.KOX_03935(>)ER
1006551.KOX_10175+ER
1006551.KOX_23470(PF01204)ER
1006551.KOX_24795+mitochondrial
1006551.KOX_16410+(ER); ER
1006551.KOX_09205(PF00359)(mitochondrial)
1006551.KOX_13395+ER
1006551.KOX_21175+ER
1006551.KOX_16355+ER
1006551.KOX_14725+ER
1006551.KOX_04800(>)ER
1006551.KOX_06515+(mitochondrial)
1006551.KOX_12835(>)ER
1006551.KOX_27250+ER
1006551.KOX_00865(>)(PF00465)(plastid)
1006551.KOX_01735(>)ER
1006551.KOX_12620+(mitochondrial)
1006551.KOX_14080(PF00294)ER
1006551.KOX_21830+ER
1006551.KOX_06125(PF01116)mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_23365+ER
1006551.KOX_02730(>)(mitochondrial); mitochondrial
1006551.KOX_12210(<)(mitochondrial)
1006551.KOX_13275(PF00854)ER
1006551.KOX_24750(PF00577)ER
1006551.KOX_09805+ER
1006551.KOX_22810(PF00345)ER
1006551.KOX_08430(PF00345)ER
1006551.KOX_12720+ER
1006551.KOX_12895(>)ER
1006551.KOX_22875+ER
1006551.KOX_05305(PF00465)mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_01515(PF00465)mitochondrial
1006551.KOX_25855+ER
1006551.KOX_23720(>)ER
1006551.KOX_01535(PF10662)mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_08605(>)ER; (ER)
1006551.KOX_07110(PF00345)ER
1006551.KOX_12165(PF00345)(ER)
1006551.KOX_12330(>)ER
1006551.KOX_04135(>)ER
1006551.KOX_20800+ER
1006551.KOX_19660+(mitochondrial)
1006551.KOX_15635+(mitochondrial); (plastid)
1006551.KOX_18590+ER
1006551.KOX_20840+ER; (ER)
1006551.KOX_08230+ER
1006551.KOX_14260+ER
1006551.KOX_25345(>)ER
1006551.KOX_16215+(mitochondrial); (plastid)
1006551.KOX_08415(>)(mitochondrial)
1006551.KOX_07085(PF00577)ER
1006551.KOX_07080(PF00345)ER
1006551.KOX_24780(>)ER; (ER)
1006551.KOX_21125+ER
1006551.KOX_24570+ER
1006551.KOX_11605+(mitochondrial)
1006551.KOX_26315(PF00577)ER; (ER)
1006551.KOX_12095+(mitochondrial)
1006551.KOX_08900+(ER)
1006551.KOX_14520(+)(PF00854)ER; (ER)
1006551.KOX_25680(>)(mitochondrial)
1006551.KOX_09420(>)(ER)
1006551.KOX_10705(<)ER
1006551.KOX_05215+ER
1006551.KOX_10280+ER
1006551.KOX_16950(PF00328)ER
1006551.KOX_14505(>)ER
1006551.KOX_16610(PF00939)ER; (ER)
1006551.KOX_01955(>)(mitochondrial)
1006551.KOX_25495(PF00294)(mitochondrial)
1006551.KOX_22945+(PF00294)(plastid)
1006551.KOX_16630+ER
1006551.KOX_00360(PF00345)ER
1006551.KOX_03625(PF03222)ER
1006551.KOX_08765+(mitochondrial)
1006551.KOX_17230(>)mitochondrial
1006551.KOX_13675+ER
1006551.KOX_24745(PF00345)ER
1006551.KOX_09745+ER
1006551.KOX_00510+ER
1006551.KOX_07795+ER
1006551.KOX_05155(PF00939)ER
1006551.KOX_09670+ER
1006551.KOX_22805(PF00577)(mitochondrial); (ER)
1006551.KOX_04940+ER
1006551.KOX_05940+(mitochondrial)
1006551.KOX_27170(PF13347)ER
1006551.KOX_05785+(ER)
1006551.KOX_22310(PF00345)ER
1006551.KOX_01695(PF00345)ER
1006551.KOX_08860+ER
1006551.KOX_24080(PF03222)ER
1006551.KOX_26900+ER
1006551.KOX_04765+mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_14030(PF00328)ER
1006551.KOX_25210+ER
1006551.KOX_06050(PF00939)ER
1006551.KOX_19840+mitochondrial
1006551.KOX_03015(PF00345)ER
1006551.KOX_09520+plastid
1006551.KOX_13500+(mitochondrial)
1006551.KOX_24045(PF13347)(ER)
1006551.KOX_13695(>)mitochondrial
1006551.KOX_09770(PF01228)mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_03495(PF01116)mitochondrial
1006551.KOX_19315+ER
1006551.KOX_27040+ER
1006551.KOX_22705(>)ER
1006551.KOX_16490(PF03222)ER
1006551.KOX_15145+ER
1006551.KOX_23565+ER
1006551.KOX_27020(PF10662)(mitochondrial)
1006551.KOX_26320(PF00345)ER
1006551.KOX_01630(<)(ER)
1006551.KOX_23835++plastid
1006551.KOX_14110+(plastid)
1006551.KOX_21790+(<)
1006551.KOX_19965(+)(ER)
1006551.KOX_16660(+)(ER); (mitochondrial)
1006551.KOX_08495(PF00834)(ER)
1006551.KOX_15060(PF00456)(mitochondrial)
1006551.KOX_06095(>)(mitochondrial)
1006551.KOX_19945+(plastid)
1006551.KOX_19215(+)(ER)
1006551.KOX_18505(+)mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_16025+(ER)
1006551.KOX_04385(+)ER
1006551.KOX_18785(+)(mitochondrial); mitochondrial
1006551.KOX_03045+(plastid)
1006551.KOX_16340+(PF13580)
1006551.KOX_09360+(plastid)
1006551.KOX_13060+(PF00294)
1006551.KOX_03560+(mitochondrial)
1006551.KOX_21230(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_21745(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_24630+(plastid)
1006551.KOX_09725(PF03222)plastid
1006551.KOX_25260+(>)
1006551.KOX_26570+(mitochondrial)
1006551.KOX_03825+(PF00359)
1006551.KOX_22135+(mitochondrial)
1006551.KOX_16330+(PF13580)
1006551.KOX_25815(PF00294)(mitochondrial)
1006551.KOX_25035++
1006551.KOX_19895+plastid
1006551.KOX_11785+(mitochondrial)
1006551.KOX_26070(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_01160(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_04870+(PF03222)
1006551.KOX_05200(PF00854)(ER)
1006551.KOX_04505+(>)
1006551.KOX_21505(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_04260+(mitochondrial)
1006551.KOX_02690+(>)
1006551.KOX_26830+(mitochondrial)
1006551.KOX_23250(<)
1006551.KOX_05555(+)ER
1006551.KOX_12545+plastid
1006551.KOX_22010+(PF00854)
1006551.KOX_00815(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_16675(+)ER
1006551.KOX_22610+plastid
1006551.KOX_27465(PF00465)(mitochondrial)
1006551.KOX_06715(<)+
1006551.KOX_05530+(plastid)
1006551.KOX_11850(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_01505+(plastid)
1006551.KOX_05255(<)ER; not used
1006551.KOX_07640(+)ER
1006551.KOX_01350(>)(plastid)
1006551.KOX_20570(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_05910(<)(ER)
1006551.KOX_08370+(ER)
1006551.KOX_14665(PF05034) (PF07476)
1006551.KOX_16200+(mitochondrial)
1006551.KOX_10130(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_07420(+)mitochondrial
1006551.KOX_14640(+)(PF05683) (PF05681)
1006551.KOX_19755(<)ER; not used
1006551.KOX_18365(PF13347)(plastid)
1006551.KOX_18605(+)ER; (ER)
1006551.KOX_25840(+)(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_25455(+)(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_18440+(plastid)
1006551.KOX_21900+(<)
1006551.KOX_11375+(ER)
1006551.KOX_08855++
1006551.KOX_05425(+)ER
1006551.KOX_23520(+)mitochondrial
1006551.KOX_15225(PF01228)(mitochondrial)
1006551.KOX_12920(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_09775+(PF00465)
1006551.KOX_21730(PF05683) (PF05681)
1006551.KOX_13525(+)(mitochondrial); plastid
1006551.KOX_18230(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_15575(+)ER
1006551.KOX_00195(+)ER; (ER)
1006551.KOX_05585(+)(ER)
1006551.KOX_21895(PF05683) (PF05681)
1006551.KOX_02855+
1006551.KOX_23795(PF00577)
1006551.KOX_13725(+)+
1006551.KOX_13465(PF00345)
1006551.KOX_22535+
1006551.KOX_18970+
1006551.KOX_07095+
1006551.KOX_18025(PF01116)
1006551.KOX_21300(+)+
1006551.KOX_02870(>)
1006551.KOX_00220+
1006551.KOX_04530+
1006551.KOX_26565+
1006551.KOX_20535(>)
1006551.KOX_17130+
1006551.KOX_00820+
1006551.KOX_03320(PF02782)
1006551.KOX_05540+
1006551.KOX_00070(+)+
1006551.KOX_19940(PF13347)
1006551.KOX_22470+
1006551.KOX_19235+
1006551.KOX_06535(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_00240+
1006551.KOX_05360(PF00294)
1006551.KOX_27180+
1006551.KOX_27230(PF16485)
1006551.KOX_15645+
1006551.KOX_03510(PF00359)
1006551.KOX_03345(>)
1006551.KOX_03205(<)not used
1006551.KOX_25690+
1006551.KOX_03975(PF05683)
1006551.KOX_01225+
1006551.KOX_09435+
1006551.KOX_09720+
1006551.KOX_09430(>)
1006551.KOX_05695(PF02782)
1006551.KOX_05690+
1006551.KOX_11800+
1006551.KOX_06980(PF01116)
1006551.KOX_01140+
1006551.KOX_10730+
1006551.KOX_11120+
1006551.KOX_08935(PF00359)
1006551.KOX_18885(PF13347)
1006551.KOX_06865+
1006551.KOX_10500+
1006551.KOX_19905+
1006551.KOX_01945(PF00854)
1006551.KOX_06285(PF13580)
1006551.KOX_21440+
1006551.KOX_02945(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_11045(PF00456)
1006551.KOX_10925+
1006551.KOX_23600+
1006551.KOX_14085+
1006551.KOX_25730+
1006551.KOX_23075(<)
1006551.KOX_13025+
1006551.KOX_06870+
1006551.KOX_06120(PF01116)
1006551.KOX_24710+
1006551.KOX_01965(PF02782)
1006551.KOX_08710(PF00577)
1006551.KOX_18780+
1006551.KOX_03040(PF00294)
1006551.KOX_10335+
1006551.KOX_09620+
1006551.KOX_16550+
1006551.KOX_25750(<)
1006551.KOX_27450(PF00294)
1006551.KOX_08360(<)
1006551.KOX_14845+
1006551.KOX_01285(PF02782)
1006551.KOX_26465(PF00359)
1006551.KOX_11315(+)(mitochondrial)
1006551.KOX_21850+
1006551.KOX_06810(PF00294)
1006551.KOX_15525+
1006551.KOX_16760+
1006551.KOX_20595+
1006551.KOX_16990+
1006551.KOX_00355(PF00577)
1006551.KOX_16575+
1006551.KOX_14590+
1006551.KOX_22205+
1006551.KOX_18350+
1006551.KOX_21255+
1006551.KOX_19560+
1006551.KOX_07170(PF00465)
1006551.KOX_13875(PF00456)
1006551.KOX_24110+
1006551.KOX_12060(>)
1006551.KOX_01325+
1006551.KOX_09665+
1006551.KOX_25790(PF00294)
1006551.KOX_05925+
1006551.KOX_27490+not used
1006551.KOX_18375+
1006551.KOX_23325(<)
1006551.KOX_08815+
1006551.KOX_07430+
1006551.KOX_08435(+)(PF00577)
1006551.KOX_14655(PF14330)
1006551.KOX_06205+
1006551.KOX_15940(PF00359)
1006551.KOX_16900(PF00359)
1006551.KOX_19150+
1006551.KOX_19155+not used
1006551.KOX_02885+
1006551.KOX_20430+
1006551.KOX_10025+
1006551.KOX_01510+
1006551.KOX_26975(PF00465)
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1006551.KOX_06190+
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================