Effective results for Pelobacter carbinolicus DSM 2380 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 163
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 45 eukaryotic-like domains, contained in 163 proteins (5 high, 158 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
338963.Pcar_0208(PF10589) (PF01512) (PF10531)(mitochondrial)
338963.Pcar_1239(PF17147) (PF01855)(mitochondrial)
338963.Pcar_1849(PF09835)mitochondrial
338963.Pcar_1844(PF10589) (PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_1604(PF10589) (PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_1605(PF10588) (PF02256) (PF02906)
338963.Pcar_2708(PF10589) (PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_3135(PF00430)ER
338963.Pcar_3136(PF00430)ER; (ER)
338963.Pcar_0834(PF10589) (PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_0945(PF00430)ER
338963.Pcar_1633(PF10588) (PF02256) (PF02906)
338963.Pcar_0824(PF10143)(ER)
338963.Pcar_0952(PF00137)ER
338963.Pcar_0951(PF00119)ER
338963.Pcar_0494(PF04055)mitochondrial
338963.Pcar_0944(PF00430)ER; (ER)
338963.Pcar_1634(PF10589) (PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_2989(PF02874)(ER)
338963.Pcar_2195(PF04055)(mitochondrial)
338963.Pcar_2994(PF00137)ER
338963.Pcar_0016(PF00137)ER
338963.Pcar_0015(PF00119)ER
338963.Pcar_2502(PF10588) (PF02906) (PF02256)
338963.Pcar_2299(PF09835)mitochondrial
338963.Pcar_0914(PF10589) (PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_1538(PF10531)ER
338963.Pcar_2079(PF04055)(mitochondrial)
338963.Pcar_2487(PF04055)mitochondrial
338963.Pcar_1474PF04184mitochondrial
338963.Pcar_2653(PF09835)ER
338963.Pcar_0136PF14853ER
338963.Pcar_0279(PF11074)(mitochondrial)
338963.Pcar_2960(PF04055)mitochondrial; (mitochondrial)
338963.Pcar_0263(PF01512) (PF10531)
338963.Pcar_2836(PF05189) (PF01137)
338963.Pcar_1034(PF17147) (PF01855)
338963.Pcar_1030(PF17147) (PF01855)
338963.Pcar_2768(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_3133(PF00306) (PF02874)
338963.Pcar_1631(PF06968) (PF04055)
338963.Pcar_1545(PF17147) (PF01855)
338963.Pcar_1369(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_0947(PF00306) (PF02874)
338963.Pcar_2520(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_1394(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_3100(PF01715)(mitochondrial)
338963.Pcar_0377(PF17147) (PF01855)
338963.Pcar_2995(PF00430)(ER)
338963.Pcar_2996(PF00306) (PF02874)
338963.Pcar_1695(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_0340(PF06968) (PF04055)
338963.Pcar_2503(PF10589) (PF14691)
338963.Pcar_2273(PF00075)(ER)
338963.Pcar_2515(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_2495(PF05189) (PF01137)
338963.Pcar_0608(PF06968) (PF04055)
338963.Pcar_1642(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_2660(PF13394) (PF04055)
338963.Pcar_0400PF07260(ER)
338963.Pcar_1458(PF06968) (PF04055)
338963.Pcar_0084(PF02915)
338963.Pcar_1846(PF01257)
338963.Pcar_1607(PF04055)
338963.Pcar_1602(PF01257)
338963.Pcar_2022(PF04055)
338963.Pcar_2117(PF01855)
338963.Pcar_2346(PF02915)
338963.Pcar_0676(PF16983)
338963.Pcar_1857(PF04055)
338963.Pcar_1859(PF01592)
338963.Pcar_0320(PF04055)
338963.Pcar_1586(PF04055)
338963.Pcar_1033(PF00731)
338963.Pcar_2163(PF04455)
338963.Pcar_3149(PF04055)
338963.Pcar_0209(PF10588)
338963.Pcar_0207(PF01257)
338963.Pcar_0204(PF00075)
338963.Pcar_1483(PF14691)
338963.Pcar_1314(PF02915)
338963.Pcar_1315(PF02915)
338963.Pcar_0935(PF14938)
338963.Pcar_2312(PF02906)
338963.Pcar_2797(PF02915)
338963.Pcar_2400(PF00731)
338963.Pcar_3130(PF02823)
338963.Pcar_3131(PF02874)
338963.Pcar_3132(PF00231)
338963.Pcar_0057(PF03063)
338963.Pcar_0051(PF01592)
338963.Pcar_0835(PF10588)
338963.Pcar_0837(PF03063)
338963.Pcar_0833(PF01257)
338963.Pcar_1835(PF04055)
338963.Pcar_1833(PF02906)
338963.Pcar_1832(PF01257)
338963.Pcar_0300PF04457
338963.Pcar_0308(PF04055)
338963.Pcar_0943(PF04055)
338963.Pcar_0948(PF00231)
338963.Pcar_0949(PF02874)
338963.Pcar_1636(PF01257)
338963.Pcar_1632(PF04055)
338963.Pcar_1125(PF04055)
338963.Pcar_1124(PF04055)
338963.Pcar_1305(PF01715)
338963.Pcar_0315(PF01592)
338963.Pcar_0225(PF04055)
338963.Pcar_0950(PF02823)
338963.Pcar_0221(PF14691)
338963.Pcar_2089(PF04055)
338963.Pcar_2884(PF04055)
338963.Pcar_0034(PF04055)
338963.Pcar_0495(PF04055)
338963.Pcar_1567(PF01855)
338963.Pcar_1214(PF04055)
338963.Pcar_0549(PF12483)
338963.Pcar_2521(PF04055)
338963.Pcar_0159(PF03266)
338963.Pcar_0158(PF04055)
338963.Pcar_0021(PF01592)
338963.Pcar_1126(PF04055)
338963.Pcar_0379(PF00025)
338963.Pcar_1514(PF10143)
338963.Pcar_2443(PF01592)
338963.Pcar_2841(PF03162)
338963.Pcar_2990(PF02823)
338963.Pcar_2993(PF00119)
338963.Pcar_2997(PF00231)
338963.Pcar_2998(PF02915)
338963.Pcar_0346(PF04055)
338963.Pcar_1189(PF02874)
338963.Pcar_2294PF11885
338963.Pcar_2295(PF14691)
338963.Pcar_2274(PF02915)
338963.Pcar_2872(PF03063)
338963.Pcar_0913(PF01257)
338963.Pcar_0752(PF14691)
338963.Pcar_1404(PF04055)
338963.Pcar_1401(PF04055)
338963.Pcar_2600(PF14691)
338963.Pcar_2864(PF00075)
338963.Pcar_3021(PF03803)
338963.Pcar_0435(PF02915)
338963.Pcar_2387(PF13394)
338963.Pcar_0110(PF04055)
338963.Pcar_1396(PF04055)
338963.Pcar_0319(PF04055)
338963.Pcar_1897(PF04055)
338963.Pcar_1722(PF04055)
338963.Pcar_2230(PF00731)
338963.Pcar_2640(PF04055)
338963.Pcar_2732(PF04055)
338963.Pcar_2919(PF04055)
338963.Pcar_0479(PF04055)
338963.Pcar_1134(PF04055)
338963.Pcar_2035(PF12038)
338963.Pcar_2585(PF04055)
338963.Pcar_2107(PF04055)
338963.Pcar_2744(PF02915)
338963.Pcar_0888(PF03063)
338963.Pcar_0885(PF04055)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.75 (6/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================