Effective results for Mesorhizobium ciceri biovar biserrulae WSM1271 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 767
- Predicted by EffectiveT3: 155 (high confidence), 252 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 27 within, 13 before, 43 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 86
- Predicted by EffectiveELD: 36 eukaryotic-like domains, contained in 243 proteins (0 high, 243 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type IV

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
765698.Mesci_0159(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
765698.Mesci_3329(PF08669) (PF01571) (PF16350)mitochondrial
765698.Mesci_3401(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
765698.Mesci_3179(PF08669) (PF01571) (PF16350)ER
765698.Mesci_5294(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
765698.Mesci_3080(PF08669) (PF01571) (PF16350)ER
765698.Mesci_0276(PF08669) (PF01571) (PF16350)ER
765698.Mesci_5747(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
765698.Mesci_3392(PF08669) (PF01571) (PF16350)(ER)
765698.Mesci_2909+(PF13407)(mitochondrial)
765698.Mesci_2657(<)(PF02653)mitochondrial
765698.Mesci_2183(PF00050) (PF07648)ER
765698.Mesci_2616+(PF13407)ER
765698.Mesci_1067+(PF13407)ER
765698.Mesci_0279(PF08669) (PF01571)(mitochondrial)
765698.Mesci_5336+(PF02653)ER
765698.Mesci_0575+(PF02653)ER
765698.Mesci_1937+(>)(mitochondrial); plastid
765698.Mesci_0304(PF02653)ER
765698.Mesci_2271(>)ER
765698.Mesci_5959+ER
765698.Mesci_4946(PF13407)ER
765698.Mesci_0493(PF13407)ER
765698.Mesci_0492(PF13407)(mitochondrial)
765698.Mesci_5976(PF13407)ER
765698.Mesci_4315(PF04828)(mitochondrial); mitochondrial
765698.Mesci_3570+(PF04828)(plastid)
765698.Mesci_0286(PF02653)ER; (ER)
765698.Mesci_0287(PF02653)ER
765698.Mesci_4591+ER
765698.Mesci_1422(PF13407)ER
765698.Mesci_4298+ER
765698.Mesci_4295+ER
765698.Mesci_4296+ER
765698.Mesci_4335+ER
765698.Mesci_3553+(mitochondrial)
765698.Mesci_6031+ER
765698.Mesci_5409(PF02653)ER; (ER)
765698.Mesci_1098(PF02653)ER
765698.Mesci_2011+ER
765698.Mesci_5171(PF02653)ER
765698.Mesci_5170(PF13407)ER
765698.Mesci_3955+ER
765698.Mesci_5235(PF02653)ER
765698.Mesci_0967(PF06764)ER
765698.Mesci_4439+(mitochondrial); (plastid)
765698.Mesci_4438(PF16387)ER
765698.Mesci_0193(PF07978)(mitochondrial)
765698.Mesci_2051(PF02653)ER
765698.Mesci_2050(PF02653)ER
765698.Mesci_1794(PF02608)ER
765698.Mesci_2689(PF13407)(mitochondrial)
765698.Mesci_4532+(ER)
765698.Mesci_5245(PF02653)ER
765698.Mesci_5244(PF02653)ER
765698.Mesci_2567(PF05990)ER
765698.Mesci_0827(PF06764)ER
765698.Mesci_3349(PF08669) (PF01571) (PF16350)
765698.Mesci_3340(>)ER
765698.Mesci_2379(PF02653)ER
765698.Mesci_0588(PF02653)ER
765698.Mesci_0587(PF13407)(ER); ER
765698.Mesci_0056+ER
765698.Mesci_2757(PF13407)ER
765698.Mesci_2759(PF02653)(ER)
765698.Mesci_1052+ER
765698.Mesci_1946+mitochondrial; plastid
765698.Mesci_1947+(mitochondrial); plastid
765698.Mesci_3016(PF13407)ER
765698.Mesci_1070(PF02653)ER
765698.Mesci_5389(PF13407)ER
765698.Mesci_5381(PF13407)ER
765698.Mesci_5268(PF13407)ER
765698.Mesci_1360(PF13407)ER
765698.Mesci_3054(PF13407)ER
765698.Mesci_4084+ER
765698.Mesci_4470+ER
765698.Mesci_4695+mitochondrial
765698.Mesci_5451(>)(ER)
765698.Mesci_5263+ER
765698.Mesci_5323(PF13407)ER
765698.Mesci_5116(PF13407)ER
765698.Mesci_1490(PF13407)ER
765698.Mesci_5030+(mitochondrial); plastid
765698.Mesci_2655(PF13407)ER
765698.Mesci_2658(PF02653)(mitochondrial)
765698.Mesci_5945(PF02653)ER
765698.Mesci_5943(PF13407)ER
765698.Mesci_1682(PF02653)ER
765698.Mesci_1684(PF13407)(mitochondrial); mitochondrial
765698.Mesci_2880(PF02653)ER
765698.Mesci_5301(PF02653)(mitochondrial); plastid
765698.Mesci_5303(PF13407)ER
765698.Mesci_2465(PF02653)ER
765698.Mesci_2466(PF02653)ER
765698.Mesci_5307(PF13407)ER
765698.Mesci_2468(PF02608)ER
765698.Mesci_2433(PF13407)ER
765698.Mesci_2245(PF04191)ER
765698.Mesci_4360+(mitochondrial)
765698.Mesci_2613(PF02653)ER
765698.Mesci_0293(PF02653)ER
765698.Mesci_0292(PF13407)ER
765698.Mesci_5732(<)ER
765698.Mesci_5276(>)ER
765698.Mesci_2615(PF02653)(ER)
765698.Mesci_3174(PF06736)ER; (ER)
765698.Mesci_5344(PF02653)ER
765698.Mesci_5343(PF02653)ER
765698.Mesci_0707+(ER)
765698.Mesci_3540+ER
765698.Mesci_4743+ER
765698.Mesci_0890(PF04191)mitochondrial
765698.Mesci_4730+mitochondrial; (mitochondrial)
765698.Mesci_5600+ER
765698.Mesci_3524(PF05990)ER
765698.Mesci_3523(PF05990)ER
765698.Mesci_4071(PF02653)ER
765698.Mesci_4070(PF02653)mitochondrial; (mitochondrial)
765698.Mesci_3867(PF02653)mitochondrial
765698.Mesci_3866(PF02653)ER
765698.Mesci_3865(PF02608)ER
765698.Mesci_5478+ER
765698.Mesci_2029(PF02653)ER
765698.Mesci_2026(PF02608)ER
765698.Mesci_1830(>)ER
765698.Mesci_3296(PF06455)ER
765698.Mesci_1297+ER
765698.Mesci_1625(PF13407)(ER)
765698.Mesci_2049(+)(PF02653)mitochondrial; (ER)
765698.Mesci_2047(PF02608)ER
765698.Mesci_1062++(plastid)
765698.Mesci_3310(PF04191)ER
765698.Mesci_4196(PF04191)ER
765698.Mesci_4190+ER
765698.Mesci_1649+(mitochondrial); plastid
765698.Mesci_1789(PF02653)ER
765698.Mesci_3332(PF08669) (PF01571) (PF16350)
765698.Mesci_5905(+)+(mitochondrial); (plastid)
765698.Mesci_1099(PF02653)(ER)
765698.Mesci_0646(PF06736)(ER)
765698.Mesci_4921+(ER)
765698.Mesci_0661(PF02653)ER
765698.Mesci_0590+(mitochondrial); (plastid)
765698.Mesci_4609+(mitochondrial)
765698.Mesci_0045+(ER)
765698.Mesci_5234(PF02653)(ER)
765698.Mesci_1124(>)ER
765698.Mesci_1726+ER
765698.Mesci_5390(PF03088) (PF02653)(mitochondrial)
765698.Mesci_3029(PF03088) (PF02653)(mitochondrial)
765698.Mesci_3028(PF13407)ER
765698.Mesci_0558(PF02653)ER
765698.Mesci_3046(PF13407)ER
765698.Mesci_5271(PF02653)ER
765698.Mesci_5272(PF02653)mitochondrial
765698.Mesci_0340(PF02653)(mitochondrial)
765698.Mesci_3185(PF13407)mitochondrial; (mitochondrial)
765698.Mesci_0576(PF02653)ER
765698.Mesci_4404(PF13407)ER
765698.Mesci_4405(PF02653)ER
765698.Mesci_5137+(ER)
765698.Mesci_5139+ER
765698.Mesci_5450+ER; (ER)
765698.Mesci_5745+mitochondrial
765698.Mesci_0513(PF13407)ER
765698.Mesci_0511(PF02653)ER
765698.Mesci_2473(+)(ER)
765698.Mesci_5310(PF02653)(plastid)
765698.Mesci_2789+(plastid)
765698.Mesci_5853(PF13407)(plastid)
765698.Mesci_4103+(PF01442)
765698.Mesci_3835(+)(mitochondrial)
765698.Mesci_0154(>)(ER)
765698.Mesci_1541(PF04752)(plastid)
765698.Mesci_1401(>)+
765698.Mesci_2013(+)(ER)
765698.Mesci_0718(PF00834)(mitochondrial)
765698.Mesci_0433(+)ER
765698.Mesci_3149(+)(ER)
765698.Mesci_2034(+)ER
765698.Mesci_2038(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_0779+(plastid)
765698.Mesci_4862+(mitochondrial)
765698.Mesci_3898+(mitochondrial)
765698.Mesci_4840+(mitochondrial)
765698.Mesci_5779(+)(mitochondrial)
765698.Mesci_1204+(mitochondrial)
765698.Mesci_4551(+)ER
765698.Mesci_3691++
765698.Mesci_2378+(PF02653)
765698.Mesci_5690(PF05034) (PF07476)
765698.Mesci_4805(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_1941+plastid
765698.Mesci_2949+(plastid)
765698.Mesci_5382(PF02653)(ER)
765698.Mesci_1361(+)mitochondrial
765698.Mesci_2513+(mitochondrial); (plastid)
765698.Mesci_3400(<)(PF08695)
765698.Mesci_0695(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_1920(+)mitochondrial; (plastid)
765698.Mesci_2676(+)(PF04248)plastid
765698.Mesci_4327+(mitochondrial)
765698.Mesci_5146(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_5145(+)(mitochondrial)
765698.Mesci_2881(PF02653)(mitochondrial)
765698.Mesci_3137+(plastid)
765698.Mesci_4306+(ER)
765698.Mesci_5161(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_4178(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_4366(+)(ER)
765698.Mesci_1082+(PF05899)
765698.Mesci_4280+(>)
765698.Mesci_5410(PF02653)plastid
765698.Mesci_4734+(mitochondrial)
765698.Mesci_2421+plastid
765698.Mesci_5605+(PF02902)
765698.Mesci_2028+(PF02653)
765698.Mesci_1627(PF02653)(ER)
765698.Mesci_2107+(ER)
765698.Mesci_1816(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_5022+(ER)
765698.Mesci_3337(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_3924(+)ER
765698.Mesci_0818+(plastid)
765698.Mesci_1234(>)(PF02653)
765698.Mesci_1891+(PF11927)
765698.Mesci_2703+(PF04752)
765698.Mesci_5254+(mitochondrial)
765698.Mesci_2573(+)mitochondrial; (mitochondrial)
765698.Mesci_2934+(ER)
765698.Mesci_3671(>)(mitochondrial)
765698.Mesci_0349(+)ER
765698.Mesci_1936+plastid
765698.Mesci_5928(+)ER
765698.Mesci_5335(+)(PF02653)(plastid)
765698.Mesci_5159(PF08669) (PF01571)
765698.Mesci_3641+
765698.Mesci_0537(+)(ER)
765698.Mesci_2474+
765698.Mesci_2471(PF07045)
765698.Mesci_2788+
765698.Mesci_5320+
765698.Mesci_1463(+)(mitochondrial)
765698.Mesci_4945(PF02653)
765698.Mesci_1467(+)(ER)
765698.Mesci_0494(PF02653)
765698.Mesci_4574+
765698.Mesci_1055(PF07978)
765698.Mesci_2646(PF05899)
765698.Mesci_2647(>)
765698.Mesci_5978(+)(PF02653)
765698.Mesci_1696(+)(plastid)
765698.Mesci_3128(>)
765698.Mesci_2414(+)+
765698.Mesci_0599(PF04828)
765698.Mesci_5192(PF00834)
765698.Mesci_0113(+)plastid
765698.Mesci_1235(PF02653)
765698.Mesci_5731(PF10994)
765698.Mesci_5954(>)
765698.Mesci_0479(PF07045)
765698.Mesci_0472+
765698.Mesci_0901(PF01321)
765698.Mesci_3812+
765698.Mesci_5425+
765698.Mesci_0283(+)(plastid)
765698.Mesci_0289+
765698.Mesci_4595(<)
765698.Mesci_1523+
765698.Mesci_1423(PF02653)
765698.Mesci_2195+
765698.Mesci_2198+
765698.Mesci_2998(>)
765698.Mesci_3528+
765698.Mesci_4455+
765698.Mesci_4748+
765698.Mesci_0458+
765698.Mesci_0452+
765698.Mesci_4125(PF04828)
765698.Mesci_4129(+)(ER)
765698.Mesci_2604+
765698.Mesci_2605(<)
765698.Mesci_2608+
765698.Mesci_3164(PF01321)
765698.Mesci_3165(PF06325)
765698.Mesci_4353(>)
765698.Mesci_3833+
765698.Mesci_1090+
765698.Mesci_1091+
765698.Mesci_1096(PF02608)
765698.Mesci_3768(PF04248)
765698.Mesci_0158(PF01633)
765698.Mesci_1407(+)+
765698.Mesci_2171+
765698.Mesci_2176+
765698.Mesci_0438(PF04828)
765698.Mesci_5847(+)plastid
765698.Mesci_3956+
765698.Mesci_1565+
765698.Mesci_5823+
765698.Mesci_2514+
765698.Mesci_0889+
765698.Mesci_5946(PF02653)
765698.Mesci_2265(>)
765698.Mesci_4704(<)
765698.Mesci_1616+
765698.Mesci_5047+
765698.Mesci_5041(>)
765698.Mesci_5446+
765698.Mesci_4437(+)(>)
765698.Mesci_2054(PF02608)
765698.Mesci_2053(>)
765698.Mesci_2052(PF02653)
765698.Mesci_5583+
765698.Mesci_6024(>)
765698.Mesci_1039+
765698.Mesci_0207(+)plastid
765698.Mesci_2070(<)
765698.Mesci_2112(+)+
765698.Mesci_1869(+)(mitochondrial)
765698.Mesci_1865+
765698.Mesci_2794+
765698.Mesci_2688(+)(PF02653)
765698.Mesci_2680(+)(mitochondrial)
765698.Mesci_1261+
765698.Mesci_1657(PF04828)
765698.Mesci_1655(>)
765698.Mesci_2308+
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765698.Mesci_4022+
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765698.Mesci_4498+not used
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765698.Mesci_3202(>)
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765698.Mesci_5569+
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765698.Mesci_5360(+)plastid
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765698.Mesci_4136(>)
765698.Mesci_4137+
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765698.Mesci_2086+not used
765698.Mesci_3239+
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765698.Mesci_1851+
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765698.Mesci_0628+
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765698.Mesci_1101+not used
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765698.Mesci_2507(PF01321)
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765698.Mesci_4987(PF04248)
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765698.Mesci_2707(+)
765698.Mesci_2702(+)
765698.Mesci_5891(+)
765698.Mesci_1977(+)
765698.Mesci_2578(+)
765698.Mesci_0363(+)
765698.Mesci_4645(+)
765698.Mesci_5114(+)
765698.Mesci_1917(+)
765698.Mesci_3533(+)
765698.Mesci_4095(+)
765698.Mesci_0345(+)
765698.Mesci_1765(+)
765698.Mesci_3182(+)
765698.Mesci_0589(+)
765698.Mesci_5742(+)
765698.Mesci_4731(+)
765698.Mesci_3669(+)
765698.Mesci_1746(+)
765698.Mesci_5935+
765698.Mesci_0512(+)
765698.Mesci_4463(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.3 (3/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 1.5 (15/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================